Oi Rodrigo,
O algicida não vai eliminar nem atenuar o problema se as condições de luz não forem ajustadas. Aumente a exposição luminosa ao sol, nas plantas e nas germinadoras. Diminua sensivelmente a quantidade de agua oferecida. Nesta época do ano e com as temperaturas mais baixas, a evaporação se dá mais lentamente, deixando o substrato úmido por mais tempo.
Geralmente consegue-se controlar a infestação de algas antes de perder as sementes, mas não é dificil de acontecer.
Ps. Faltou especificar as plantas e as sementes que estão passando pelo problema.