Lucas, creio que entrará muita pouca luminosidade com essa bandeja. Seria necessário uma tampa transparente...ou se possível, inverter a ordem da bandeja, não seria mais possível nesta, já que possui os furos, mas poderia comprar uma tampa nova (no caso este fundo) ou se tiver já. Deixando-a na posição que é usada quando se esta com "bolo". Quanto a fungos, eu abro minhas estufas a cada 1 semana, as vezes menos, para renovação de ar... até então, nunca tive problemas com isso. A água pode estar com esta coloração por conta do musgo, mas é necessário sim renovar ao longo da germinação, para troca de nutrientes presentes nela (oxigênio...) lembrando que a melhor água é a colhida da chuva, caso não a tenha, aconselho pegar água, se possível filtrada, e deixar descansando em galões/baldes por 48 horas para evaporação de cloro. Aqui em minha região o cloro é praticamente inofensivo as plantas, mas vai de região para região. Nunca água mineral. Caso não seja possivel trocar essa tampa, aconselho a deixar sem nada mesmo, para uma maior iluminação.
Esta de noite na imagem, mas da para ter uma ideia.. este é a minha bandeja de germinações:
