Olá Jefferson,
Quase todo mundo já teve ou vai ter esse tipo de incidente um dia. Relaxa .
Como as seeds se misturaram e é possível confundí-las meio ao substrato, você deve dar uma ajudinha à elas, ou seja, você vai aumentar as chances de germinação nestas condições.
Pelo o que entendi as sementes se misturaram então você deve misturar os substratos(separando as seeds que você jah havia encontrado é claro), daí ao invés de usar vasinho potinhos...etc...vai providenciar recipientes onde se tenha o máximo de área possível, tipo uma bandeja!
Ao invés de você colocar 4 ou 5 dedos de substrado(tem gente que usa mto mais em vasinhos), você coloca o mínimo possível de altura, talvez um dedo ou dois de subst. na bandeja.
Com isso você vai possibilitar que as seeds "perdidas" tenham mais chance de germinação devido as condições de umidade e luz que você propiciou!
Abraço